Q3.コース毎にカメラを変更して図化名人の標定・数値図化などの作業を行うことができますか？

はい。
ただし図化名人で空中三角測量を行う場合、1コースの最大写真枚数は100枚までに制限されます。
（最大写真枚数はメモリ容量に依存されます）